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logfc是什么意思GEO数据挖掘或转录组分析差异表达基因时,结果中会出现Log2FC,p值和FDR值,这三个值是生信技能树生信爆款入门课程geo数据挖掘差异基因筛选提到的重点这些个值是什么意思呢?为拓展课堂所学知识,现在对他们做下总结llogFC
1.1logFC是什么差异倍数fold change,fold change翻译过来就是倍数变化limma接受的输入参数就是一个表达矩阵,而且是log后的表达矩阵以2为底
1.21ogFC计算举例logFC这一列的值,其实就是输入的表达矩阵中case一组的平均表达量减去control一组的平均表达量的值,那么就会有正负之分,代表了case相当于control组来说,该基因是上调还是下调假设A基因表达值为1,B表达值为3,那么B的表达就是A的3倍一般我们都用count.TPM或FPKM来衡量基因表达水平,所以基因表达值肯定是非负数,那么fold change的取值就是+°°为什么我们经常看到差异基因里负数代表下调、正数代表上调?因为我们用了Iog2fold changeo当exprAexprB时,B对A的fold change就大于1,Iog2fold change就大于0见下图,B相对A就是上调;当exprAexprB时,B对A的fold change就小于1,Iog2fold change就小于0通常为了防止取Iog2时产生NA,我们会给表达值加1或者一个极小的数,也就是log2B+l-log2A+lo Cutofffor logFCis
1.2The numberof upgene is740The numberof downgene is552202Iog2fold change。